Las 20 disciplinas del ninjutsu (ninja no bugei ju happan)
El entrenamiento ninja clásico contempla, al menos a nivel histórico, el aprendizaje de veinte disciplinas
- Taijutsu: Manejo del cuerpo; movimientos, desplazamientos y combate desarmado.
- Kenjutsu: esgrima de sable, incluyendo la ninjato o shinobigatana.
- Bojutsu: técnicas de lucha con bastones de diversos tipos o tamaños.
- Hanbojutsu: arte de combatir con un báculo.
- Shurikenjutsu: lanzamiento, manipulación y combate con elementos cortapunzantes.
- Kusarijutsu: manejo de cadenas, solía usarse la Kusarigama, una hoz japonesa con cadena y contrapeso en el extremo o la Kusarifundo, una cadena extremadamente larga.
- Sôjutsu: manejo de lanzas.
- Naginatajutsu: uso de la Naginata, especie de alabarda en forma de espada curva con asta muy larga.
- Bajutsu: equitación, lucha y técnicas a caballo.
- Kuji Kiri: posiciones esotéricas de manos, las cuales según se decía dotaban al ninja de habilidades sobrehumanas.
- Suijutsu: nado, lucha, combate y técnicas en el agua.
- Kayakujutsu: fabricación y empleo de pólvoras y explosivos.
- Bo Ryaku / Kyojutsu Tenkan Ho: estrategia / formas de engaño intercambiando lo verdadero y lo falso.
- Cho Ho: espionaje.
- Shinobi Iri: ocultación y camuflaje (en todo tipo de climas y ambientes exteriores e interiores).
- Inton Jutsu: infiltración.
- Henso Jutsu: caracterización, interpretación y disfraces.
- Ten Mon: meteorología.
- Chi Mon: geografía.
- Seishin Teki Kyoyo: desarrollo espiritual.
En cambio, las dieciocho habilidades del bujutsu samurái eran las siguientes:
- Taijutsu: Combate sin armas.
- Kenjutsu o Kendo: Uso de la Katana o sable de bambú (shinai).
- Iai Nuki y/o Battojutsu: desenvaine y corte con la espada.
- Kusarijutsu: combate con cadenas, volvemos al ejemplo de la Kusarigama.
- Bojutsu: combate con bastones.
- Yarijutsu: combate con Lanza
- Naginatajutsu: uso de la Naginata, especie de alabarda en forma de espada curva con asta muy larga. Es más bien para las esposas de los samurái, pues no es común que estos la empleen.
- Kyokuten: combate en ambientes extremos.
- Suitonjutsu: natación, métodos de ocultación en el agua y uso de agua racionada.
- Bajutsu: técnicas para montar y combatir a caballo.
- Hanbojutsu: arte de combatir con un báculo.
- Yajutsu: técnicas de arquería.
- Yoroi Kumi-Uchi: combate usando armadura.
- Hojojutsu: técnicas con cuerdas, podría decirse que son técnicas de atadura.
- Juttejutsu: combate usando Jutte.
- Saiminjutsu: ilusiones (ilusionismos y prestidigitación).
- Shurikenjutsu: técnicas de lanzamiento de Shuriken, no es común para un samurái.
- Seishin Teki Kyoyo: desarrollo espiritual.
Como se puede ver, las habilidades del ninja son un refinamiento, o si se quiere una especialización de la forma de comprender el arte de la guerra del samurái. Esto nos acerca a una interrelación entre el ninja y el samurái, que lejos de ser similar a la que presenta la cinematografía, apunta quizá hacia una ósmosis, tanto a nivel de conocimiento, como de táctica y estrategia, e incluso de seres humanos. No en vano, famosos samurái fueron a la vez destacados ninja de clanes famosos, y viceversa. Incluso varias escuelas antiguas de tradición nítidamente noble, es decir, samurái, incluían el ninjutsu dentro de su programa, tanto en torno a la técnica como a las citadas táctica y estrategia.
El Arte Ninja se complementaría con otros conocimientos propios de modernos agentes de campo, como los primeros auxilios, la orientación, conocimientos de alimentación muy particulares, técnicas para andar y desplazarse en silencio o transportando heridos, el empleo de armas ocultas o camufladas (las llamadas Kakushi Buki, y en definitiva todo aquello que fuese útil para su labor).